中国戏曲学院音乐系始于五十年代初的中国戏曲学校音乐科。1952年中国戏曲学校创办京剧音乐科。1981年，中国戏曲学院音乐系成立，开始招收京剧器乐演奏专业大专班。1984年，中国戏曲学院成立的作曲系并开始招收作曲专业本科班。这在中国戏曲高等教育史上是一个历史性的突破，它填补了中国戏曲艺术诞生以来没有戏曲作曲高等级专门人才培养的空白，开拓性地创立了中国戏曲作曲学科专业，为中国戏曲音乐艺术的发展奠定了坚实的基础。1987年，作曲系与音乐系合并，统称音乐系。2009年学院成立京剧系，京剧器乐专业划入京剧系。2017年，原新媒体艺术系的录音专业划归音乐系。

音乐系目前设有作曲与作曲技术理论、音乐表演、音乐学、录音艺术四个专业，含戏曲作曲、音乐制作、民族器乐、音乐学、音响艺术设计五个专业方向，其中戏曲作曲专业方向是音乐系最具传统优势，在全国居于领先地位的特色专业方向。2021年音乐系作曲与作曲技术理论专业被评定为北京市（省级）一流本科专业建设点，2022年该专业升格为国家级一流本科专业建设点；2022年音乐系音乐表演专业被评定为北京市级（省级）一流本科专业建设点。目前设有戏曲作曲、民族器乐、音乐制作、音乐学、基础和研究生六个教研室。

先后担任音乐系主任的有：吴炳章、关雅浓、洪伟、朱维英、海震、谢振强。

音乐系建成了一支师德高尚、业务精湛、富于创新、朝气蓬勃的高素质师资队伍。截至到目前为止，音乐系有正式在编教师38人。

音乐系的办学指导思想是以坚持戏曲特色，不断提高教学质量，不断深化教育改革，传承和创新优秀传统文化，创办国内一流戏曲音乐教育，特色专业保持国内领先水平，培养和输送拔尖戏曲音乐人才，为戏曲艺术事业的繁荣与发展提供科学支撑为总体目标。

面向未来，音乐系将继续加强戏曲音乐创作和理论研究，积极探索戏曲音乐发展规律，构建中华戏曲音乐理论体系，服务全国戏曲音乐创作，推动戏曲艺术向着体系化、科学化、现代化、国际化的方向迈进，不断推动音乐学科建设的全面发展。